为了有效地针对疫情的变化、应用最新具实證基础的监察及介入措施，以及确保机构能有效地运用资金，爱滋病信託基金一直以来都以计划/项目的形式拨款。
虽然如此，委员会於2003年起设立了一套新的计划拨款机制，以叁年为单位，目的是维持一些具质素的活动。申请者可在计划完结後再递交新的申请表格。但是，申请者必须證明该计划/项目在公共衞生方面有持续的需要，并显示获资助计划/项目有良好的成效和往绩。